La Cofradía del Santo Entierro tiene su sede en la iglesia del antiguo Convento de San Agustín. Los religiosos agustinos se establecieron en Badajoz entre los siglos XIII y XIV, trasladándose a su emplazamiento actual después de que en 1431, el Obispo pacense Fray Juan de Morales, confesor del Rey Juan II, les cediera la antigua iglesia de San Lorenzo, que había sido suprimida por Bula del Papa Eugenio IV. En este lugar permanecieron los agustinos, levantando la iglesia que hoy conocemos, hasta su exclaustración en 1820.

Sin embargo, la Cofradía del Santo Entierro fue fundada posiblemente por los religiosos de la Orden de Santiago, que se instalaron en Badajoz de la mano de Alfonso IX de León, a quien acompañaron en la Reconquista de la ciudad en el S. XIII. Aunque es muy probable que su actividad sea anterior, consta como fecha de aprobación de la Cofradía el 13 de agosto de 1604, recibiendo en 1605 un Breve Pontificio del Papa Clemente VIII, quien confirmó la aprobación de la Cofradía y concedió muchas gracias e indulgencias a los cofrades que fuesen de ella.

La Hermandad tuvo su sede originariamente en la Ermita de Santiago, dentro de los muros de la Alcazaba, hasta 1811 ó 1812 en que, debido a la Guerra de la Independencia, quedó destruida, pasando entonces las imágenes al convento de los Remedios, regido por las Religiosas Trinitarias. Sin embargo, unos años después, parece que por las estrecheces del convento y las molestias que se ocasionaban a las monjas, se acordó trasladar la Hermandad al convento de San Francisco, sufriendo la Cofradía el día de traslado de las imágenes un incidente por el que fueron acusados de tumulto y falta de respeto, hecho por el cual se tuvieron que enfrentar a un largo pleito que debilitó enormemente a la Cofradía, y que finalmente impidió su traslado al convento de San Francisco, por lo que, ya más tarde y tras la expulsión de las Trinitarias del convento de los Remedios en 1870, se reorganiza esta Hermandad en 1871 en la iglesia de San Agustín, que albergaba ya la parroquia de Santa María la Real.

Ya en el S. XVII se celebraba la función del Sermón y el Descendimiento, que se celebraba por la mañana y consistía en representar el momento del Descendimiento de la Cruz, para lo que se empleaba un estupendo Crucificado articulado que aún posee la Hermandad, que una vez descendido se introducía en una urna sirviendo de Cristo Yacente en la procesión del Santo Entierro de la tarde. Esta tradición se siguió manteniendo durante mucho tiempo, teniéndose constancia de que aún se celebraba en 1885.

Afortunadamente, ninguna de las imágenes de la Cofradía resultó dañada durante la Guerra Civil, ya que seguramente fueron ocultadas en casas particulares o en la propia iglesia. Tras la guerra, durante la cual posiblemente no se interrumpiese la actividad procesional, la procesión del Santo Entierro destacó por su carácter de “oficial”, siendo seguida por numerosas autoridades eclesiásticas, civiles y militares, y teniendo un amplio acompañamiento militar en sus salidas.

Es importante decir que por los años 50 se celebraba ya la Procesión Magna del Santo Entierro cada cinco años, en la que participaban todas las Cofradías de la ciudad representadas por alguno de sus pasos. Esta procesión fue interrumpida durante bastante tiempo, siendo por fin recuperada en la pasada Semana Mayor de 2002, tras 36 años desde la celebración de la última, y con enorme éxito por la asistencia de público y por la expectación que suscitó en la ciudad.