La Cofradía se funda el día 1 de diciembre de 1971 en la parroquia de San Fernando y Santa Isabel, en el barrio de “La Estación” donde tiene actualmente su sede, siendo el primer Hermano Mayor D. Félix Jesús Méndez Velarde, jefe de la estación de ferrocarril en aquel momento. Conocida como “la de los Ferroviarios”, hace en 1973 su primera salida procesional, recogiendo desde un primer momento la devoción de todo el barrio, lo cual ha hecho que a lo largo de los años, esta Cofradía se haya convertido en una de las más pujantes de los últimos tiempos, haciéndose un hueco importante en la Semana Santa pacense. En 1972 se aprueban sus estatutos, en los que destaca el hecho de salir todos los años a pesar de las inclemencias del tiempo, hecho recogido por el carácter puramente penitencial de la Cofradía, y que ha dado más de un disgusto al haber tenido que soportar algún aguacero, con el consiguiente deterioro de los enseres.
Esta Cofradía ha recuperado para la Semana Santa pacense la celebración del Sermón de las Siete Palabras, en las que se recuerdan las últimas palabras pronunciadas por Cristo en la cruz. Esta celebración tiene lugar en un vistoso acto junto a la Puerta de Palmas, que es engalanada a tal efecto. La procesión llega desde el barrio de la Estación, en la margen derecha del Guadiana, hasta la Puerta de Palmas, cruzando el Puente de Palmas, el más antiguo de los puentes pacenses, en donde se apaga toda la iluminación eléctrica, proporcionando una bellísima estampa al paso de la procesión sobre el rio.
En 1973 se nombra Hermano Mayor Honorífico de la Cofradía al Coronel del Ejército del Aire de la base de Talavera la Real, cuerpo que durante muchos años acudió a la procesión con su banda de cornetas y tambores, teniendo ahora la Cofradía la suya propia. También son Hermanos Mayores Honoríficos D. Rafael Molia Candela, D. Joaquín Gil Juan y D. Ramón Bas Mirón.
La Cofradía cuenta además desde el año 2003 con un segundo titular: María Santísima de la Misericordia, año en que también estrena su actual denominación, al que se le añade el nombre de la Virgen.
Es de señalar cómo en la mañana del Martes Santo un inmenso número de devotos hacen ofrenda floral de claveles rojos para adornar el paso del Cristo y blancos para el de la Virgen.